主线故事
序章
自从上一代守护者失踪，已经过去了十年。作为守护者的候选者之一，玩家扮演的主角来到微光遗迹，这里是存放天启魔方的圣地。然而，当主角抵达之后，才发现遗迹已经被恶魔占据并污染，曾经的守护者只剩下天启之魂，还在苦苦等待继任者的到来。最终，在天启之魂的帮助下，主角完成了传承试炼，继承了天启魔方，并被传送到了北郡。
第一章
来到北郡的主角，遇到了守护于此的英雄芙蕾雅。此时的世界，由于守护者多年失踪，恶魔余孽趁虚而入，到处蛊惑凡人。在芙蕾雅的帮助下，主角的守护者身份得到承认，并在北郡守望者们的帮助下，逃离了恶魔的围攻。随后，他们解救了被恶魔奴役的巨龙，前往精灵族的永夜森林寻求帮助。
第二章
永夜森林的精灵，是人类的盟友之一。但巨龙告知主角，精灵内部出了叛徒，否则自己也不会落入恶魔手中。为了查明真相，主角和芙蕾雅深入丛林，帮助精灵卫队赶走伐木的哥布林，解救了陷入沉睡的绿龙女王。随后，主角结识精灵公主，并在她的帮助下，发现一切都是因为精灵王暗中作祟。他为了永生投靠了恶魔之主，最终在芙蕾雅的帮助下挫败了魔化精灵王的计划，成功挽救了精灵族陷入黑暗危机。
主角护送精灵公主来到纪元圣都——亚夏城，参加了执政官主持的会议。原来亚夏各方都遇到了巨大的困难，整个王国濒临瘫痪。作为守护者的主角，主动提出了帮助解决亚夏的困难。先后助解决了能源引擎问题，银行财政问题，并在王子艾萨斯的引荐下，见到了当世最强大的法师雷文迪斯。在一系列的任务中，他们赢得了彼此的信任，结成了深厚的友谊。
第三章
在主角和雷文迪斯的追查下，众人终于找到了突袭恶魔老巢的办法，在一次组队讨伐中，主角将和队友一起，直捣恶魔大本营，这次成功极大鼓舞了圣都的士气。随着主角越来越强大，他将面对更多的挑战，这是作为守护者的必修课。而每一个挑战主角的人，最后都无一例外被主角打败，并对主角心悦诚服。除此之外，主角解救了前来拜访的海族公主海伦，并计划以此为突破口，解决亚夏城的海路贸易问题。
第四章
在海伦公主的请求下，主角来到海底深渊，发现这里充斥着无数海洋垃圾。主角前往月光林地，帮助月神解决恶魔入侵，随后来到海底，彻底净除了海底垃圾。最后，主角一行人发现这一切的始作俑者，竟然是一个出于好意的地精之手。而这位地精也终于完成清理任务，可以返回亚夏了。
第五章
见识了主角的力量之后，海伦公主决定请求主角帮助解决海族的危机。原来海族受到了海底邪恶势力的控制，就连海后都无能为力。她们请求主角找回海王神兵，以解除黑潮势力的掌控。最终，主角在海伦公主的指引下，修复的海族的神兵，成功击退了黑潮，挽救了海族，并让海族成为亚夏永久的盟友。
第六章
在海底一战中，主角意识到黑潮的力量十分强大，必需铸造神兵，武装亚夏才能对抗下一次危机。在主角坚持不懈的努力下，在盟友的竭诚帮助下，终于通过了重重考验，造出了属于自己的神兵利刃。
第七章
北方要塞传来求救消息，主角前往救援，小王子暗中跟随，来到北境。这里冰天雪地，矮人们世代统治和守护着这里。主角帮助矮人王解决下要塞的困境，并见到了蓝龙女王。在女王的帮助下，他们找到了生命王冠。但王冠实际是一个陷阱，小王子执意戴上王冠，反而被其重伤陷入昏迷，王冠也被神秘人带走。主角追之不急，只得带着王子回到亚夏疗伤。
第八章
位于西部荒野的黑石火山爆发震惊了世界，居住在那里的蛮族纷纷逃离，主角奉命前往平息这场巨大的移民危机。来到西部荒野后，主角帮助解决了暴走的野兽，安抚了元素之灵，并帮助部落的酋长找到了投靠恶魔的叛徒，荒野之乱得以平息。
第九章
部落叛徒摩恩赛克逃到幽暗沼泽，意图窃取那里的远古力量。主角和大法师雷文迪斯紧追不舍，在帮助解决沼泽遗民的困难后，终于深入远古神庙，挫败了摩恩赛克的阴谋。但大家没想到的，生命王冠中藏着摩恩赛克的残魂，小王子受到控制，离开了亚夏。
第十章
主角追踪小王子来到冥河彼岸，这里是灵魂的国度。然而没想到的是，小王子似乎已经被王冠控制，他四处征讨，想要掌控冥河地域的力量。原来这一切都是魔主迪奥布雷的阴谋，利用生命王冠控制所有亡者，最终目标是冲击神圣的天空之城。
第十一章
天空之城在魔主大军进攻之下坠入尘世，主角召集亚夏的力量前往救援。最终，在各方正义力量的通力合作之下，打败了魔主迪奥布雷，为《神域纪元》画上了终章。
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